南京市第一医院病理科始建于1963年，是南京市最早成立病理科的医院之一。病理科现有人员22人，拥有主任医师3人，副主任医师4人，副主任技师2人，主管技师4人。具有博士学位者3人，硕士学位者8人。是南京医科大学病理学与病理生理学专业学位硕士点，现有在读硕士2人。

2023年病理活检标本40000余例，细胞学20000余例，分子检测近2000例，免疫组化标记5000余例。开展常规病理、快速冰冻病理、快速石蜡病理、液基细胞病理、免疫组化染色、特殊染色和分子病理检测。经过几代人的努力，目前我科拥有病例30余万例，逐渐形成了以泌尿生殖系统、呼吸系统、消化系统、内分泌系统、女性生殖系统等有特色的专业方向。

病理科有多人担任省内外多种学术职务，其中中国病理学工作者委员会常务委员1人，江苏省病理学会委员1人，江苏省抗癌协会肿瘤病理委员会青年委员，江苏省抗癌协会肿瘤标志物委员会委员2名，江苏省病理学会细胞学组委员1人，南京市病理学会委员1名，南京市病理学会技术专业组和细胞学组委员各1人。是《临床与实验病理学杂志》、《医学研究生学报》和《实用医学杂志》特邀审稿人。