南京市第一医院医学检验科于1936年2月建院之初成立；1982年元月，南京市检验质控中心设在我院，后于1993年2月更名为南京市临床检验中心，2008年科室正式更名为“医学检验科”。

2009年被评为“江苏省、南京市临床重点专科”；2017年被授予十三五科教兴卫工程“江苏省实验诊断学医学创新团队”荣誉称号。医学检验科分为临床血液体液检验组、临床免疫组、临床生物化学组、临床微生物组、分子生物组、南院组和输血组等七个专业组。科室现有正高级职称5人，副高级职称7人，中级职称26人；其中博士学位4人 、硕士学位18人；医师2人；具有本科以上学历的人员占85%。科室承担临床检测项目500余项，涵盖了“全国等级医院评审标准”中的所有医学检验项目。科室设备精良，拥有日本、美国等国家进口大型设备数台，如全自动血液分析仪、全自动生化分析仪、全自动干式生化分析仪、全自动酶免分析仪、全自动特定蛋白分析仪、全自动细菌鉴定及药敏分析仪、MALDI-TOF质谱仪等设备，能充分满足临床的需要，并为全院的各级科研课题的完成及各类研究生的培养提供优质的环境与平台。

2012年12月通过ISO15189质量体系的现场评审，2013年5月获得中国合格评定国家认可委员会（CNAS)颁发的认可证书。2016年5月27-29日通过CNAS对医学检验科ISO15189质量体系的换证复评审+扩项评审，2018年6月28日-7月1日通过CNAS对医学检验科ISO15189质量体系的复评审+变更评审。

科室现为南京医科大学第三临床医学院临床检验诊断学教研室所在地，是南京医科大学、东南大学、中国药科大学的硕/博士培养点。近年来科室共获得国家自然科学基金10多项，目前在研国家自然科学基金3项、江苏省自然科学基金2项、江苏省科技厅及南京市科技局课题多项；多次获得江苏医学科技奖、江苏省卫生健康委及南京市卫生健康委新技术引进奖等多个奖项。发表核心期刊及统计源以上期刊论文200余篇，其中已发表SCI论文为100余篇。